馬祖藍眼淚生態館，馬祖第一座具有高互動性的自然遺產生態主題館，除了靜態的馬祖生態介紹外，更運用4D環繞虛擬實境，讓遊客沉浸於「月公主」與「海盜王」的淒美愛情故事場景，經歷藍眼淚傳說中的神祕情節。藍眼淚互動館結合海洋大學夜光蟲的培育技術，藉由專業導覽解說，讓遊客近距離的觸摸與認識「藍眼淚」，不受季節天候的限制，一年四季無論白天或晚上，都能看見絕美的馬祖藍眼淚，是一個很棒的寓教於樂生態展示場館。
馬祖藍眼淚生態館，馬祖第一座具有高互動性的自然遺產生態主題館。
馬祖藍眼淚生態館，展館目前概分二館，馬祖生態教育館與藍眼淚互動館。
馬祖生態教育館，中央場域為標本展示區，四周牆面以文字配合圖片，詳細的介紹馬祖四鄉五島的燕鷗生態、鳥類生態、原生植物、昆蟲生態與植物生態。
標本展示區，偽虎鯨及小鰛鯨骨架。
在偽虎鯨媽媽肚子裡的胎兒，偽虎鯨媽媽因擱淺多日身體已腐敗，做成骨骼標本，偽虎鯨胎兒泡藥水保存。
黃唇魚是中國特有種，魚膘可製成上等的花膠，以前馬祖曾捕撈到價值千萬的黃唇魚，但因濫捕，數量減少，已經瀕臨絕種。
除了靜態的馬祖生態介紹外，藍眼淚互動館更運用4D環繞虛擬實境，讓遊客沉浸於「月公主」與「海盜王」的淒美愛情故事場景，經歷藍眼淚傳說中的神祕情節。(4D 影片版權限定，禁止拍攝)
互動式藍眼淚場景，遊客可以在上面踩踏，頭頂上的感應元件，會投射藍眼淚光影，波光粼粼泛起陣陣漣漪，非常夢幻。
藍眼淚互動館結合海洋大學夜光蟲的培育技術，藉由專業導覽解說，讓遊客近距離的觸摸與認識「藍眼淚」，不受季節天候的限制，一年四季無論白天或晚上，都能看見絕美的馬祖藍眼淚，是一個很棒的寓教於樂生態展示場館。
藍眼淚，一種介形蟲或是渦鞭毛藻，這種螢光蟲受到海浪驚擾就會發出淡藍色的螢光。馬祖舊時稱之為「丁香水」，相傳看到這種生物大量出現，以牠為食物的丁香魚群就會過來。藍眼淚的出現需要天氣 (風平浪靜、海水清澈)、溫度 (水溫最好在22度上下)、風向 (南風) 及海流漲退潮時間的配合，是不可預期，可遇不可求，因此地點的選擇更是重要，有海流穩定但又有水流持續拍打的地方是上上之選。
在恆溫攝氏 22度C 的藍眼淚培養室，每個遊客選個圓盤，圓盤中盛有透過生物科技培育的螢光蟲，透過導覽老師的指導，拿起長滴管輕輕攪拌水面，或用手輕拍桌面造成震盪，水中的螢光蟲就會發出陣陣白色波光。
攪拌水面時，眼睛看到的螢光蟲白色波光。
相機長曝30秒，拍下的藍眼淚。
馬祖藍眼淚生態館，如何去：
地址：連江縣南竿鄉四維村24號 (芙蓉澳口)
電話：(0836) 23338
票價：全票：350元，冬季：300元，優待票：250元 。戶籍在地居民 / 馬祖駐地軍人：100元。
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